海洋多样性资源保护区建设基本停滞
海南国土环境资源厅表示，社会、经济的发展以及城镇化加速使物种栖息地受到威胁，生态系统承受的压力增加，保护与开发的矛盾将继续加大。由于不同生物多样性保护与开发程度差别，其面临的压力及挑战又有轻重之分。就海南而言，陆地大体已建立了相应的生态系统、珍稀动植物保护区，而大部分海洋生物、渔业资源、重要遗传物种资源等保护区建设基本停滞，就算建好的也形同虚设。
目前民众保护海洋生物、渔业及遗传资源多样性意识不强，如果捕捞或放牧持续过度，环境污染加剧，海岸带、河流、湖泊及农村生态环境在地产开发、旅游项目建设等经济活动中遭到严重破坏，这些类型及这些地区生物多样性保护压力将增加。目前，生物多样性保护重要性虽已逐渐为政府部门重视，但完善生物多样性保护机制体制刻不容缓。
50年里海南有200多个物种濒临灭绝
近年来随着城市与工业的发展，污染物排放总量呈逐年上升趋势，加之治理不到位，导致生境退化，部分区域的环境质量下降明显一些物种来不及适应生境的变化，使得种群数量日益减少，特别是湿地的污染，对各类型水生动植物的影响是致命的。生境每况愈下，生物种群数量也锐减。
在过去的50多年里，有200多个物种濒临灭绝，如海南油杉、水椰、水菜花、海南海桑、葫芦苏铁、海南风吹楠、海南假韶子、红榄李、昌江石斛、五唇兰等。在最近国家林业局公布的极小种群中，海南有24种，占全国120种的20 %。又如，在1978～1982年全国野生稻普查中海南各市县分布多达65处，近年来已不足30处，且面积不断缩小。由于栖息地被破坏，许多农作物和栽培植物的野生近缘种资源丧失严重。据不完全统计，许多地方的古老、土著品种由于严酷的竞争和排挤，数量急剧减少，有的濒临灭绝，主要农作物水稻、甘蔗、番薯、木薯历史上产量低的老品种基本上已被淘汰。
近几年海南遗失的农作物种类就达150多种。物种种群数量的急剧减少，为海南生物多样性的保护敲响了警钟。同时，随人类活动影响增加，土地破坏加剧，退化严重。海南省土地贫瘠化、水土流失和荒漠化现象比较严重。全省现有水土流失面积2.2×102 km2，荒漠化面积1.06×103 km2。土地资源的破坏直接威胁到了各种生物赖以生存的环境，对植物物种资源多样性保护极为不利。
全球气候变化致海南珊瑚礁生态退化
气候是决定生物群落分布的主要因素，气候变化能改变一个地区不同物种的适应性并能改变生态系统内部不同种群的竞争力。自然界的动植物、微生物，可能因无法适应全球变暖的速度而做适应性转移，从而惨遭厄运。
以海南省珊瑚礁为例，在全球变化的背景下，海水温度升高，pH值降低，海平面上升，这些变化在全球范围内已经导致了海南珊瑚礁生态系统的退化，近年来爆发的长棘海星，对西沙群岛珊瑚礁造成了极为致命的伤害，导致西沙群岛的大部分珊瑚礁体活体造礁石珊瑚覆盖率明显降低，虽然目前关于其爆发原因尚有很大争论，但一般认为其与全球变化之间可能存在某种重要联系。
海南众多河流土著鱼类几乎完全消失
海南是中国外来入侵物种较严重的省份之一。中国发现的400余种外来入侵生物中，海南省就有200多种，成为中国外来生物入侵与危害最为严重的地区之一。
这些入侵的生物已形成新的优势群落或改变生态系统的结构，并对海南本土的动、植物物种资源多样性和生态系统造成巨大影响。如由于飞机草的蔓延，使得大田坡鹿的保护形势极为严峻而且无法解决;罗非鱼的入侵，使得海南许多河流的土著鱼类几乎消失。
目前，海南对外来入侵物种的调查和研究水平还比较低，即便是已经投入大量人力、物力和财力的椰心叶甲防治，资料依旧相当缺乏。除了外来物种的间接引入，目前对主动引种带来的的生态入侵问题同样缺乏研究。海南是中国的南繁基地，如过度的盲目引种，无序引种，极有可能造成海南外来入侵物种的泛滥，目前尚缺乏引种项目生态综合评估与预防。由于人们长期对外来入侵生物防缺少认识，无法提出并开展针对性的措施，外来入侵仍存在无法预料的威胁。
作者：张华义
